蝠鲼的繁殖方式非常特别，它既是卵生的也是胎生的。蝠鲼会产卵，只不过，它并不会像其他生物一样，将卵排出体外。而是将卵留在身体里，随身携带并进行孵化。这样做的目的，是为了方式掠食者将自己排出的卵吃掉，随身携带，可以增大卵的成活率。它的卵会留下体内，被一层厚厚的地膜所包围，这层膜就像是胎盘一样，保护着里面的卵。不同于胎盘的是，蝠鲼的这层膜只起到保护作用，并不会给卵提供营养。所以，归根结底，它还是一种卵生的动物。蝠鲼的分娩过程比人类要痛苦地多，小蝠鲼破卵而出之后，并不会直接从妈妈的身体里钻出来。它需要一定的生长时间，然后再从妈妈的身体里出来。在妈妈肚子里的时间里，它会以自己的卵壳为食，卵壳具有丰富的营养，可以使得小蝠鲼迅速地发育。可对于蝠鲼妈妈来说，这是个极其痛苦的过程。因为小蝠鲼会在它的肚子里游来游去，到出生一个星期后，小蝠鲼就会从母亲的肚子里钻出来。这时，小蝠鲼的身体已经很大了，蝠鲼妈妈的身体要长得很大，才能将小蝠鲼挤出来。这个过程，蝠鲼妈妈要承受非常大的痛苦。出生后的蝠鲼宝宝还不能独自生活，因为周围到处都是凶猛的捕食者。它们如果独自生活，将会面临着非常大的危险。为此，它必须要跟着蝠鲼妈妈，以求得妈妈的保护。它还要跟随妈妈一起学习生活经验，还有如何捕猎。蝠鲼宝宝要跟着妈妈一起生活，这个过程通常在三年以上。直到小蝠鲼和妈妈长得一样大的时候，它就可以告别妈妈，独自在海洋中觅食了。
